Ученые из Института биомедицинских исследований IRB Barcelona разработали вычислительную платформу под названием DiffInvex, которая может обнаруживать гены, помогающие раковым клеткам избегать воздействия химиотерапии. Данные исследования были опубликованы в журнале Nature Communications.
Платформа была обучена на анализе 11 тысяч геномных образцов, полученных из раковых и здоровых тканей, и охватывает около 30 различных типов клеток. DiffInvex продемонстрировала высокую точность в выявлении мутаций, способствующих развитию лекарственной устойчивости, а также в нахождении генов, играющих роль в резистентности к терапии. Среди выявленных генов оказались PIK3CA, SMAD4 и STK11 — известные «драйверы» ракового роста.
Методология DiffInvex основана на сравнении частоты мутаций в кодирующих участках ДНК с рядом соседних некодирующих областей. Такой подход позволяет более точно оценивать влияние генетической изменчивости, исключая возможные недочеты.
Анализ также выявил, что некоторые мутации, такие как изменения в гене ARID1A, могут возникать в процессе нормального старения и не всегда связаны с развитием опухолей. Это ставит под сомнение их статус как истинных онкогенных факторов и может повлиять на методы ранней диагностики.
По мнению исследователей, открытие универсальных путей, приводящих к резистентности рака, может помочь в разработке более эффективных комбинаций лекарств. Например, сочетание традиционной химиотерапии с ингибиторами сигнальных путей, активируемых генами PIK3CA или STK11, может замедлить рецидив заболевания. Ранее также был обнаружен ген, обеспечивающий защиту от наследственной формы деменции.